Науковий щорічник заснований у 1991 р. тодішнім директором Львівського музею історії релігії Володимиром Гаюком за підтримки відомих науковців: д. і. н., проф. Я. Дашкевича та засл. діяча науки і техніки, д. філос. н., проф. А. Колодного. Співзасновники видання: Відділення релігієзнавства Інституту філософії імені Г. Сковороди НАН України та Інститут української археографії та джерелознавства ім. М. Грушевського НАН України. Збірник створений з метою розширення науково-дослідної роботи з питань історії релігії та історії сакрального мистецтва, забезпечення належних умов для вивчення проблем релігійного руху в Україні та його впливу на духовний розвиток і культуру українського народу. 2005 р. на Всеукраїнському музейному фестивалі у м. Дніпропетровську щорічник відзначений дипломом переможця в номінації наукових музейних видань.
2010 р. Науковий щорічник «Історія релігій в Україні» отримав державну реєстрацію в Міністерстві юстиції України (№ 17299-6069Р, серія КВ). На сьогоднішній день збірник наукових праць є авторитетним виданням, у якому публікуються науковці з усіх регіонів України, а також з Польщі, Білорусії, Литви, Словаччини та інших країн.
Відповідно до наказу Міністерства освіти і науки України від 28.12.2017 р. № 1714 Науковий щорічник «Історія релігій в Україні» включено до переліку фахових видань з історичних спеціальностей.
